Una monografía de CONCULTURA precisa que las familias Menjívar y Zepeda fueron las primeras en afincarse. Jorge Lardé y Larín, en su investigación “El Salvador: Historia de sus pueblos, villas y ciudades”, indica que entre 1824 y 1855 perteneció a los partidos de San Salvador, Cuzcatlán y Chalatenango. Para 1841, San Francisco Lempa no figuraba como cantón electoral. Aparece como pueblo sino hasta en una ley del 19 de marzo de 1864.

Debido al creciente desarrollo de su agricultura, comercio y población, se le otorgó durante la administración de Pío Romero Bosque el título de villa gracias a un decreto legislativo de 1928.